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[PoreSpy] 安装

1 简介

1.1 什么是PoreSpy

PoreSpy是一组图像分析工具，用于从多孔材料的 3D 图像（通常从 X 射线断层扫描中获得）中提取信息。有许多提供通用图像分析工具的包（即Python 环境中的 Skimage和Scipy.NDimage 、 ImageJ、MatLab的图像处理工具箱），但它们都需要构建复杂的脚本或宏来完成特定用于多孔的任务媒体。PoreSpy的目的是为所有常见的多孔介质测量提供一组预先编写的工具。例如，可以使用单个函数调porespy.filters.porosimetry来执行水银入侵模拟。

PoreSpy严重依赖 scipy.ndimage 和scikit-image。前者包含各种通用图像分析工具，例如图像形态过滤器，而后者提供更复杂但仍然通用的功能，例如边界分割。PoreSpy不会复制任何这些通用功能，因此您还必须安装并学习如何使用它们才能充分利用PoreSpy。PoreSpy 中的函数通常是使用skimage和scipy提供的几个通用函数构建的。

1.2 功能模块

PoreSpy由以下模块组成：

generators：生成用于测试和解释说明的多孔材料图像的程序

filters：接收图像，更改图像的函数

metrics: 量化图像属性的工具

networks: 从图像中提取为孔隙网络的算法和工具

simulations: 对图像进行物理模拟，包括排水

visualization: 用于可视化的辅助函数

io: 以各种格式输出图像数据以供通用软件使用的功能

tools：用于处理图像的各种工具

1.3 示例的图像

2 安装

参考Installation — PoreSpy documentation

这里提一下可能出现的问题

conda install --file=requirements/conda.txt

在输入这行命令之后可能会出现报错：

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

显示有几个包搜索不到

这个时候可以尝试使用以下命令将conda-forge channel添加到你的channel列表中：

conda config --append channels conda-forge

一般这样就可以重新conda install，然后按照官网的步骤继续安装就行

如果这样不行就去ANACONDA官网上搜索缺少的包，然后在ANACONDA目录下手动安装：

cd C:\Users\ALPHA\anaconda3\pkgs

如果上述方法都不行，那就直接在官网上下载压缩包，解压至pkgs目录

完整的安装命令如下（以我的文件路径为例）：

cd C:\Users\ALPHA\Desktop\testgit

git clone https://github.com/PMEAL/porespy

cd porespy

conda config --append channels conda-forge

conda install --file=requirements/conda.txt

pip install -r requirements.txt

pip install --no-deps -e .

git pull